Lingvistický germanistický výzkum ústavu se v synchronním pojetí jazyka zabývá především německou lexikologií a lexikografií, korpusovou lingvistikou a sociolingvistikou. V rámci diachronní lingvistiky je důraz kladen zejm. na historickou textologii rané nové horní němčiny v českých zemích.

V oblasti germanistické literární vědy je výzkum zaměřen zejm. na německou literaturu a kulturu v Čechách, na Moravě a ve Slezsku, se zvláštním zájmem o teoretické otázky interkulturality, kulturní paměti a kulturního překladu.